Pendidikan Fakultas Kedokteran Universitas Wijaya Kusuma Surabaya merupakan perwujudan dari cita-cita luhur Yayasan Wijaya Kusuma , menyusul didirikannya Universitas Wijaya Kusuma Surabaya. Dalam Rencana Induk Pengembangan (RIP) Universitas Wijaya Kusuma Surabaya yang telah tersusun sejak berdiri pada tanggal 22 Juni 1981, telah tercantum rencana untuk segera mendirikan Fakultas Kedokteran, menyusul setelah 6 fakultas berdiri. Untuk realisasinya kemudian dibentuk Tim Studi Kelayakan yang pada bulan Oktober 1982 telah menyelesaikan tugasnya. Dengan telah tersusunnya Studi Kelayakan kemudian pada tahun 1985 Rektor membentuk Panitia Pendidikan Kedokteran dengan Surat Keputusan Rektor nomor Kep. 17/UWK/VII/1985 tanggal 15 Agustus 1985. Panitia yang diketuai oleh Prof. dr. H.S.M. Soeatmadji ini segera menyusun program kerja untuk mempersiapkan pendirian Fakultas Kedokteran. Akhirnya dengan kerja giat Panitia Fakultas Kedokteran melaksanakan kegiatan operasionalnya dalam tahun akademik 1986/1987. Landasan penyelenggaraan Pendidikan Kedokteran ini didasarkan pada ketentuan dan kebijaksanaan Depatermen Pendidikan dan Kebudayaan (Depdikbud) saat itu dan Konsorsium Ilmu-ilmu Kesehatan (Consortium Health Sciences) serta kondisi-kondisi setempat.

Program struktural nya didasarkan atas Peraturan Pemerintah (PP) nomor 5/1982, dengan mengacu pada Kurikulum Inti Pendidikan Dokter Indonesia (KIPDI) tahun 1982 sesuai dengan SK Mendikbud Nomor : 0211/U/ 1982.
Kegiatan akademik dimulai pada tahun akademik 1986/1987 berdasarkan Ijin operasional dari Kopertis Wilayah VII nomor : 357/O/1986 tanggal 25 April 1986. Pada tahun 1988 Fakultas Kedokteran memperoleh status sebagai Fakultas dengan status terdaftar menurut SK Mendikbud nomor 0240/O/1988. Fakultas Kedokteran UWKS didukung oleh para staf pengajar dari Fakultas Kedokteran Universitas Airlangga baik sejak rencana berdirinya (duduk sebagai panitia pendiri) maupun operasionalisasi belajar mengajar, dan juga dukungan dari Pemerintah Daerah Propinsi Jawa Timur. Bentuk dukungan Pemerintah Daerah tersebut adalah dibangunnya Laboratorium Laboratorium Perguruan Tinggi Swasta di Kompleks Perguruan Tinggu UWKS untuk Kedokteran Dasar Umum.

Pada saat ini Fakultas Kedokteran UWKS telah terakreditasi dengan peringkat B pada tahun 1998 dengan SK nomor 001/BAN-PT/AK-1/VIII/1988, dan status tersebut masih dipertahankan pada akreditasi periode berikutnya menurut Keputusan Badan Akreditasi Nasional nomor 012/BAN-PT/AK-VII/S1/VII/2003 tanggal 9 Juli 2003. Dalam periode yang akan dating diharapkan status akan meningkat menjadi peringkat A dengan berbagai upaya diantaranya perubahan kurikulum berbasis kompetensi dengan metode pembelajaran problem based learning (PBL), penambahan sarana dan prasarana pendidikan serta peningkatan baik kualitas maupun kuantitas sumber daya manusia yang terlibat dalam proses pendidikan kedokteran di dalamnya.